Çoğu tıbbi ve cerrahi işlemde olduğu gibi hastaların çok az bir kısmında tedavinin yan etkileri ve komplikasyonları oluşmaktadır. Tüp bebek tedavisinin en sık karşılaşılan komplikasyonları şunlardır;
- Tedaviye cevap olmaması
- Yumurtalıkların uyarılması sonucu oluşan komplikasyonlar
- Yumurta toplama işlemi ile ilgili komplikasyonlar
- Çoğul gebelik ve dış gebelik
Tedaviye cevap olmaması
Tüp bebek tedavileri sırasında kullanılan ilaçlara yumurtalıklar cevap vermeyebilir ve tedavi iptal edilebilir. Yumurtalar erken çatlayarak yumurta toplama işlemi yapılamayabilir. Bu iki durum genellikle ileri yaş hastalarda ya da yumurtalık kapasitesi zayıf hastalarda karşımıza çıkmaktadır.
Bazı durumlarda alınan yumurtalar ile spermler döllenmeyebilir. Bu durumdan genellikle yumurta ve spermin kalitesi sorumludur. İleri kadın yaşı, yumurtalık kapasitesinin zayıf olması, kullanılan tedavi protokolü ve ilaç dozları, spermin testislerden elde edildiği bazı durumlar, spermde ağır şekil bozukluklarının olması ya da hareketliliğin hiç olmaması gibi durumlar yumurta ve sperm kalitesinin kötü olmasına neden olabilmektedir.
Bazen embryo çok iyi de olsa rahime tutunamamaktadır. Aslında embryoların iyi görünümlü olması kromozomal olarak da normal olduğunu göstermez. Bu nedenle iyi gibi görünen bir embryo genetik donanımı açısından anomalili olabilmektedir ve bu embryolar rahime tutunamayabilir. Bu gibi bir durumda rahim iç duvarı olan endometrium da muhtemel bir patoloji yönünden tekrar değerlendirilmelidir. Ayrıca hidrosalpenks varlığı yönünden de tüplerin değerlendirilmesinde fayda vardır. Bütün bu değerlendirmeler sonucu hiçbir neden de tespit edilemeyebilir.