Doğal gebeliklerde olduğu gibi tüp bebek gebeliklerinde de gebelik sırasında problemler oluşabilmektedir.
Tüp bebek gebeliklerinde normal gebeliklere oranla düşük riski (risk %15-30), dış gebelik riski (risk %1-10), erken doğum riski (risk %25-30), düşük doğum ağırlıklı bebek olasılığı (risk %25-30), çoğul gebelik olasılığı (risk %25-30), ikiz olasılığı (risk %25-30), üçüz olasılığı (risk %1-5), sezaryen olasılığı (çoğul gebeliğe bağlı olarak) daha yüksektir.
Tüp bebek tedavileri sonucu doğan bebeklerin konjenital (risk %1-5) ve kromozomal anomali riskleri doğal yoldan oluşan gebeliklere göre artmamıştır. Taze ve dondurulmuş embryo gebelikleri sonrası doğan bebeklerin gelişimi de benzerdir.